Sebuah cuplikan studi Nexstrain.
Lembaga Biologi Molekuler Eijkman telah men-submit 3 sekuens full genome dari virus SARS-COV-2 pada pasien Indonesia, dengan ID: EIJK2444; EIJK0141; dan EIJK0317, ke portal GISAID. Data sekarang sudah available dan bisa diakses siapa saja, asal sudah mendaftar di GISAID ya.
Lantas, mudah saja untuk diketahui 3 sampel tersebut berasal dari mana transmisinya, jika sekuens Indonesia sudah di tangan, dan belasan ribu sekuens pembanding lainnya juga tersedia. Tapi karena saya malas men-download semuanya itu, jadi saya memfilter analisis global dari Institusi/Organisasi lain untuk melihat asal-muasal sampel Indonesia. Organisasi tersebut bernama Nextstrain (https://nextstrain.org/) yang sudah sangat baik mengkurasi data dari GISAID, menganalisis, dan memvisualisasikannya. Kudos to Nexstrain!
Jadi, dari 3 sampel tersebut, secara evolusi, semua transmisinya berasal dari China, sama kayak manusia modern, berasal dari Afrika tapi, bukan dari China. Kemudian virus dari China bermigrasi, dan berevolusi sepanjang migrasinya, sepanjang lompatan dari satu host ke host lainnya. Sama kayak manusia. Terus berevolusi. Tapi bedanya, virus berevolusi jauh lebih cepat dibanding manusia.
Menariknya ada 2 grup (clade) besar, "grup" Asia dan Eropa, yang berevolusi secara paralel di kedua grup tersebut. Grup tersebut ditandai oleh diferensiasi mutasi asam amino pada protein ORF1B (open reading frame) pada posisi asam amino 314 (Gambar 1), juga pada protein S (spike) pada posisi asam amino 614 (Gambar 2). Ketiga sampel Indonesia berada di "grup" Asia (Gambar 0). Ini menarik, protein S terdiferensiasi secara regional. Pasti ada fungsi yang berpengaruh. Tapi saya lihat gen ACE2 di dunia kok ga berbeda ya. Ini untuk diteliti lebih jauh oleh virolog Indonesia. Anyway, namun sekali lagi, semua berasal dari China ya.
Nah. Dari 3 sampel virus tersebut, mengalami kisah perjalanan yang berbeda:
Untuk sampel EIJK2444 (Gambar 3), virus berasal dari Jepang. Awalnya berjalan dari China, menuju Australia, dan Jepang. Dan akhirnya di Indonesia. Pada akhirnya, virus ID EIJK2444 memiliki mutasi asam amino pada protein S posisi 76, dari Threonine menjadi Isoleucine.
Untuk sampel EIJK0317 (Gambar 4), virus berasal dari United Arab Emirates. Awalnya berjalan dari China, menuju UK, kemudian US, United Arab Emirates, dan berakhir di Indonesia. Pada akhirnya, virus ID EIJK0317 memiliki mutasi asam amino pada protein ORF1a posisi 461 dari Isoleucine menjadi Valine.
Untuk sampel EIJK0141 (Gambar 5), virus berasal dari US. Awalnya berjalan dari China, menuju UK, kemudian US, dan berakhir di Indonesia. Pada akhirnya virus ID EIJK0141 memiliki mutasi asam amino pada protein ORF1a posisi 2103 dari Serine menjadi Phenilalanine.
Begitulah kisahnya.
Menariknya,
1) ketiga virus di Indonesia tersebut tidak (atau belum?) menjadi source bagi mutasi virus lainnya di negara lain. Setelahnya hanya terjadi pada transmisi lokal. Akan dilihat pada sekuens-sekuens baru dari sampel Indonesia.
2) Selain itu, semua mutasi kunci virus di Indonesia ini bersifat non-synonymous. Perlu dipelajari bagaimana mutasi ini berakibat pada struktur protein virus tersebut dan fungsinya. Apakah mengubah fungsi atau tidak. Dan ini serem siy. Mutasi fungsi jika lajunya cepat, bisa susah ditangani. Tapi, para virolog di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman bisa menganalisisnya.
disc: analisis diatas adalah cuplikan dari Nextstrain. Bukan analisis saya sendiri. Saya hanya merangkum.
edit: tambahan dari bro Rama Dhenni (thx bro!). Interpretasi data itu berdasarkan ketersediaan data, dan jelas ada limitasinya. Jadi kisah perjalanan ini bisa berubah terupdate seiring dengan bertambahnya sekuens yang masuk ke GISAID. Bisa jadi sebelum Indonesia, virusnya mampir dulu kemana yg kita tidak tau karena tidak tersedianya data. Atau interpretasi yg lainnya. Jadi interpretasi di post ini berdasar ketersediaan data di Nextstrain pertanggal 5 Mei 2020.
In general, science evolves. Today's facts can be perfected, or even challenged, with more data coming in, in the future.
***
Pertanyaan berikutnya: Kapan virus-virus tersebut masuk ke Indonesia?
Hehe, nantikan episode selanjutnya (kalo gw niat).
Sumber: Facebook Pradiptajati Kusuma